El propósito de esta comisión es motivar, alentar, exhortar, comprometer y fomentar la práctica de la oración tanto individual, familiar, como comunitaria dentro del pueblo de Dios.

Para ello la Alianza hace más de 130 años que promueve la Semana Universal de Oración a la que se suman cada vez más creyentes e iglesias de distintas denominaciones. Además edita una Guía de Oración que se distribuye gratuítamente a las iglesias locales de España así como a todos los miembros de la Alianza. También hace un llamamiento cada mes de Noviembre a orar en favor de la Iglesia Perseguida, facilitando información sobre su situación.