Aunque parezca lo contrario, cada día hay en el mundo más cristianos que son perseguidos por su fe y compromiso con Cristo. Esta comisión tiene la finalidad de mantener nuestros ojos abiertos a esta realidad, promover acciones encaminadas a la defensa de la libertad de conciencia y fomentar la oración a favor de la iglesia sufriente.

Las acciones más destacadas de esta comisión son la promoción del Día Internacional de Oración por la Iglesia Perseguida (DIDO) así como la publicación y envío de los informes semanales traducidos de la Comisión de Libertad Religiosa de la Alianza Evangélica Mundial.